ΠΕΡΙΓΡΑΦΗ ΣΤΑ ΕΛΛΗΝΙΚΑ ΤΩΝ ΔΗΜΟΣΙΕΥΣΕΩΝ ΣΕ ΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΑ ΠΕΡΙΟΔΙΚΑ

α. Στερεοδομή πρωτεινών και μοντέλλα για μεμβρανικές πρωτείνες.

1.Ενα δομικό μοντέλο για την περιοχή του χρωμοφόρου της ροδοψίνης από αγελάδα.

Int.J.Biol.Macromol., 1982,4,263-267.

Ενα μοντέλο της ανεξάρτητης περιοχής του καρβοξυλικού άκρου της ροδοψίνης κατασκευάστηκε χρησιμοποιώντας μεθόδους πρόβλεψης δευτεροταγούς δομής. Το μοντέλο περιέχει δυο ελικοειδή κυρίωςτμήματα που διασχίζουν την μεμβράνη και συμφωνεί καλά με τα βιοχημικά πειραματικά δεδομένα. Το ένα τμήμα περιέχει και την λυσίνη που συνδέεται η 11-cis ρετινόλη το δέ άλλο μία κυστείνη και τρυπτοφάνη που πιθανώς να συμετέχουν στην διεργασία της μετάδοσης του σήματος στήν όραση.

2. Ενα Δομικό μοντέλο για την ροδοψίνη της αγελάδας.

Int. J. Biol. Mactomol., 1984, 6, 73-76.

Ενα μοριακό μοντέλλο για την δομή της ροδοψίνης κατασκευάστηκε με συνδυασμό πληροφοριών από μεθόδους πρόβλεψης δευτεροταγούς δομής και πειραματικών δεδομένων. Το μοντέλο αποτελείται από επτά τμήματα που διασχίζουν την κυτταρική μεμβράνη που είναι κυρίως (αλλα όχι εξ'ολοκλήρου) ελικοειδής. Περιοχές χωρίς κανονική στερεοδομή δίνουν την δυνατότητα δομικής κινητικότητας στην πρωτείνη.

3. Η Πρωτοταγής δομή, βιοχημεία και το μοριακό μοντέλλο της ροδοψίνης.

Prog.Ret.Res. 7,63-87,1988.

Η ροδοψίνη,είναι μία από της πρώτες πρωτείνες μεμβράνης που έχει μελετηθεί τόσο πολύ καί όμως ή στερεοδομή της είναι ακόμη άγνωστη. Οι αμινοξικές ακολουθίες διαφόρων ειδών συγκρίνονται και συνάγονται γενικά εξελικτικά συμπεράσματα, και προτείνεται η δευτεροταγής δομή της πρωτείνης. Με βάση βιοχημικές παρατηρήσεις αναπτύσεται το τρισδιάστατο δομικό μοντέλλο το οποίο αναλύεται σε σχέσει με παρατηρήσεις λειτουργίας και δράσης της πρωτείνης. Τέλος γίνεται επέκταση και σε άλλους μεμβρανικούς υποδοχείς που αλληλεπιδρούν με πρωτείνες Γ.

4. Η δομή των υποδοχέων που αλληλεπιδρούν με πρωτείνες Γ.

Biochem.Soc.Symb. 56,1,1990.

Η οικογένεια των μεμβρανικών υποδοχέων που αλληλεπιδρούν με πρωτείνες που δεσμεύουν γουανίνη (Γ) συνεχώς αποκτά και περισσότερα μέλη με την ανακάλυψη και νέων αμινοξικών ακολουθιών. Το στερεοδομικό μοντέλο της ροδοψίνης χρησιμοποιήται σαν βάση στην διερεύνηση των συγγενών νευροπεπτιδικών, μουσκαρινικών και αδρενεργικών υποδοχέων.

5. Στερεοδομικές μελέτες των μεμβρανικών υποδοχέων που αλληλεπιδρούν με πρωτείνες Γ (που δεσμεύουν γουανίνη).

TIPS 11,492-499,1990.

Με βάση τις γνωστές στερεοδομές της βακτεριοροδοψίνης, του φωτοσυνθετικού ενεργού κέντρου και των μοντέλων της ροδοψίνης γίνεται μία προσπάθεια δημιουργίας ενός κοινού δομικού λειτουργικού πλαισίου με βάσει την εξελικτική διατήρηση στοιχείων των αμινοξικών ακολουθίων. Επίσης προτείνονται λειτουργικά μοντέλλα οπου αναγνωρίζονται οι περιοχές σύνδεσης με το υπόστρωμα και αλληλεπίδρασης με τις πρωτείνες Γ.

6.Μοριακά μοντέλλα πρωτεινών μεμβράνης.

Biochem.Soc.T. 838,1990.

Η κατανόηση των διεργασιών με τις οποίες οι μεμβρανικές πρωτείνες συμμετέχουν στην μεταφορά πληροφοριών και ύλης δια μέσου της λιπιδικής μεμβρανης απαιτεί την κατανόηση της στερεοδομής. Εδώ αναπτύσεται η πρόοδος στην τοπογράφηση των υποδοχέων που αλληλεπιδρούν με πρωτείνες Γ και είσάγεται η στερεοδομική αντιμετώπιση ενός καναλίου ιόντων με χαρακτηριστικά συναπτικού χάσματος.

7. Δομική ανάλυση του συναπτικού χάσματος και της πρωτείνης των 16Κ.

NATO ASI Series VH46,14-19,1990

Η δομή των συναπτικών χασμάτων από πάγκρεας του Nephrops norvegicus μελετάτε με βιοχημικές τεχνικές και ηλεκτονική μικροσκοπία. Επανασυσταθείσες μεμβράνες της 16Κ πρωτείνης, κυρίου συστατικού της κυτταρικής μεμβράνης, μελετούνται με ηλεκτρονική μικροσκοπία. Ανάλυση της πρωτοταγούς δομής και βιοχημικές διεργασίες οδηγούν στην πρόταση μοριακής στερεοδομής σε συνδυασμό με την ηλεκτρ. μικροσκοπία.

8. Η στερεοδομή της 16ΚD μεμβρανικής πρωτείνης πού είναι ομόλογη με το πρωτονικό κανάλι της Η+ ΑΤΡάσης.

Protein Engineering 1992 ,5,1,7-15.

Η αμινοξική ακολουθία της πρωτείνης καθωρίστηκε με πρωτεινική και τεχνικές cDNA. Υπάρχει υψηλή εξελικτική διατήρηση μεταξυ διαφόρων ειδών και μεγάλη ομοιογένεια με την πρωτεολιπιδική υπομονάδα των Η+ ΑΤΡασών. Η θέση του συμπλόκου της πρωτείνης στην μεμβράνη μελετάται με πρωτεάσες και το Ν,Ν δικυκλοεξυλκαρβοδιαμιδικό ενεργό κέντρο αναγνωρίζεται. Σε συνδυασμό με προβλέψεις δευτεροταγούς δομής και μοριακά γραφικά συτήματα προτείνεται τριτοταγές μοντέλο βασισμένο και στην ηλεκτρομικροσκοπικές εικόνες.

β. Πρωτείνες πού ανήκουν στην οικογένεια των λιποκαλύκων.

9. Η αμινοξική ακολουθία της πρωτείνης που δεσμεύει Πυραζίνη (PBP) από την ρινική βλέννα της αγελάδας.

Eur.J.Biochem. 185,569 1989.

Καθωρίστηκε η αμινοξική ακολουθία της ΡΒΡ με πρωτεινική χημεία. Η πρωτείνη έχει 159 αμινοξέα και ανήκει στην οικογένεια των λιποκαλύκων. Ειναι ομόλογη αυτών που βρίσκονται στά ούρα ποντικών και των πρωτεινών οσμής. Με τεχνικές ομολογίας και μοριακά γραφικά συστήματα προτείνεται τρισδιάστατο μοντέλο και εντοπίζεται ο χαρακτήρας του ενεργού κέντρου ως υδροφοβικός και με δυνατότητα αλληλεπιδράσεως με το υπόστωμα με υδρογονικούς δεσμούς.

10.Η αμινοξική ακολουθία και το μοριακό μοντέλο της Α2 υπομονάδος του συμπλόκου Κραστακυανίνης και καροτενοειδούς χρωμοφόρου.

Eur.J.Biochem 197,407 1991.

Καθωρίστηκε η αμινοξική ακολουθία της Α2 κραστακυανίνης και εντοπίστηκε η ομολογία της με άλλα μέλη της οικογένειας των λιποκαλύκων. Με βάση τις κρυσταλλικές δομές των β-λακτοσφαιρίνη και της πρωτείνης της ρετινόλης κατασκευάστηκε μοντέλο για την μελέτη της αλληλεπίδρασης με το χρωμοφόρο. Η προτείνόμενη δομή αναλύθηκε στην περιοχή του χρωμοφόρου και εξετάστηκε ο μηχανισμός της αλλαγής φάσματος του δεσμευμένου υποστρώματος.

11.Η αμινοξική ακολουθία και τα μοριακά μοντέλα της C1 υπομονάδος του συμπλόκου Κραστακυανίνης-καροτενοειδούς χρωμοφόρου και της β-κραστακυανίνης που αποτελείται απο τις Α2,C1 πρωτεινικές αλλυσίδες και δύο μόρια ασταξανθίνης.

Eur.J.Biochem 202,31 1991.

Καθωρίστηκε η αμινοξική ακολουθία της C1 κραστακυανίνης και εντοπίστηκε η ομολογία της με την Α2 υπομονάδα της κραστακυανίνης (38% σύμπτωση) και με άλλα μέλη της οικογένειας των λιποκαλύκων. Με βάση το μοντέλο της Α2 κατασκευάστηκε μοντέλο για την C1 και γιά το διμερες σύμπλοκο με δύο μόρια ασταξανθίνης. Το περιβάλλον των καροτενοειδών χαρακτηρίζεται από την ύπαρξη αρωματικών και την απουσία φορτισμένων πλευρικών ίδων.Μελετούνται οι περιοχές επαφής του διμερούς και προτείνονται δυνατές περιοχές επαφής του οκταμερούς.

12.Η τεταρτοταγής δομή της κραστακυανίνης, καροτενοπρωτείνης από το κέλυφος του αστακού. Μελέτες χρησιμοποιώντας συνδετικά παράγωγα.

Comp.Biochem.Physiol. 97B,4,837 1990.

Τρείς δισ(ιμιδοεστέρες) διαφορετικού μήκους (9-11Α) χρησιμοποιήθηκαν γιά την δημιουργία δεσμών μεταξύ των υπομονάδων του οκταμερούς της α-κραστακυανίνης και των υπομονάδων του διμερούς της β-κραστακυανίνης. Εξετάστηκε η σταθερότητα του συμπλόκου σε επίδραση με θέρμανση και ουρία και τα αποτελέσματα αναλύονται με αναφορά το τρισδιάστατο μοντέλο της β-κραστακυανίνης.

13. Η κραστακυανίνη από το κέλυφος αστακού. Ο ρόλος της τρυπτοφάνης στην φασματοσκοπική μετατόπιση της δεσμευμένης ασταξανθίνης.

Biochem. J. 274,79 1990.

Σε κραστακυανίνη, συνδεδεμένη με DMP για την σταθεροποίηση της, τροποποιούνται οι τρυπτοφάνες με BPNS για να δοκιμαστει η ικανότητα δεσμευσης ασταξανθίνης. Η πρωτείνη οκταμερίζεται και αναλύεται η αλληλεπίδραση των τρυπτοφανών με τα μόρια της ασταξανθίνης.

14. Εναλλακτικά υποστρώματα για την διερεύνηση του της περιοχής δέσμευσης του καροτενοειδούς στην κραστακυανίνη από το κέλυφος του αστακού.

Biochem J. 265,919, 1990.

Οι υπομονάδες του συμπλόκου της κραστακυανίνης δείχνουν υψηλή συνδετική ικανότητα για τις υδρόφοβες φθωρίζουσες ενώσεις 8-ανιλο-1-ναφθαλινοθειικο οξύ και cis-παριναρικό οξύ και επιδεικνύουν μεταφορά φθωρισμού από τις τρυπτοφάνες στα υποστρώματα. Αυτά τα αποτελέσματα σε συνδυασμό με τις δομικές πληροφορίες για τις πρωτείνες δίνουν στοιχεία για την θέση του φυσικού υποστρώματος ασταξανθίνης στο σύμπλοκο.

15. Η αρχιτεκτονική των καροτενοπρωτεινών από αρθρόποδα.

Comp.Biochem.Physiol. 97B,1 1990.

Σε αυτή την ανασκόπηση περιγράφονται οι φασματοσκοπικές και μοριακές ιδιότητες των καροτενοπρωτεινών από αρθρόποδα, η φύση των συμπλόκων και οι αλληλεπιδράσεις πρωτείνης και χρωμοφόρου, φασματοσκοπικές και βιοχημικές παρατηρήσεις, και ανάλυση των κέντρων δέσμευσης του υπόστρώματος.

16. Κραστακυανίνη, η πρωτείνη από το κέλυφος του αστακού που δεσμεύει ασταξανθίνη: Αποτελέσματα της τροποποίησης καταλοίπων τυροσίνης της αποκραστακυανίνης με τετρανιτρομεθάνιο στην ικανότητα της πρωτείνης να επαναδιατάσεται σε σύμπλοκα με ασταξανθίνη.

Comp.Biochem.Physiol 110B,393-401 1995.

Η τροποποίηση τριών έως έξη καταλοίπων τυροσίνης ανα μονομερές καταστρέφει τηνδυνατότητα σύνδεσης της με το καροτενοειδές ασταξανθίνη που προκαλεί την βαθυχρωμική φασματοσκοπική μετατόπιση της κανονικής καροτενοπρωτείνης. Οταν η επίδραση του τετρανιτρομεθανίου δεν προκαλέσει τροποποίηση σε όλες τις τυροσίνες, γεγονός που οδηγεί στο να εμποδίζεται το δίπλωμα της πρωτείνης, η μεταξύ τους σύνδεση τυροσινών είναι ακόμα φανερή μειώνοντας την ισχύ της αλληλεπίδρασης με το καροτενοϊκό υπόστρωμα. Από αυτά συνάγεται ότι τυροσινικά κατάλοιπα είτε συμμετέχουν στην αλληλεπίδραση μεταξύ πρωτείνης και καροτενοειδούς, είτε στην διαμόρφωση του ενεργού κέντρου της πρωτείνης.

17. Καροτενοειδή ως υπόστρωμα της λιποκαλίνης κραστακυανίνης.

Η.Ηλιόπουλος, P.Zagalsky,Π.Ταραντίλης και Μ.Πολυσίου. (1994) Πρακτικά 15ου Πανελληνίου Συνεδρίου Χημείας. Τόμος Α’, 865-868.

18. Molecular Recognition: The Lipocalins

Crystallography of Supramolecular Compounds G.Tsoucaris, J.L.Atwood and Janusz Lipkowski (Eds.) Kluwer Acad. Publ. (1996) 415-427.

Ο εγκλεισμός υδρόφοβων μορίων σε πρωτείνες για προστασία, μεταφορά και δημιουργία ειδικών συνθηκών είναι το κοινό χαρακτηριστικό μιάς οικογενείας πρωτεϊνών, των λιποκαλινών. Σε αυτή την εργασία αναλύονται οι ιδιότητες των υδρόφοβων κέντρων δέσμευσης σε συνδυασμό με την λειτουργικότητα της κάθε πρωτείνης και συνάγονται συμπεράσματα για τα κοινά δομικά στοιχεία που χαρακτηρίζουν τις πρωτείνες αυτές.

γ. Διάφορα.

19.Ρελαξίνη από αρουραίο: Στερεοδομή που ομοιάζει με αυτή της ινσουλίνης προτείνει παρόμοιο υποδοχέα.

Int.J.Biol.Macromol. 4,399 1982.

Τα συνδυασμένα αποτελέσματα από μεθόδους δευτεροταγής προβλεψης στις αμινοξικές ακολουθίες των ορμονών ρελαξίνης και ινσουλίνης επεκτείνονται με μοριακά γραφικά συστήματα στην δημιουργία ενός τρισδιάστατου μοντέλου. Οι επιφανειακές πλευρικές αλλυσίδες αναλύονται για της εύρεση περιοχών αλληλεπίδρασης με τον υποδοχέα.

20.Διαφοροποίηση περιοχών κωδικοποίησης πρωτεινών σε κατα τα άλλα πολυ συγγενείς περιοχές mRNA που ρυθμίζεται από ανδρογόνα.

EMBO J. 3,11,2517 1984

Ο χαρακτηρισμός δύο πρωτεινών (S και F) που παράγονται κάτω από ορμονικό έλεγχο από το cDNA δείχνει ότι οι μεταγραφόμενες περιοχές των mRNA έχουν τοπική ομολογία εν αντιθέσει με τις μη μεταγραφόμενες περιοχές όπου η ομολογία είναι πίο μεγάλη. Παρα την διαφοροποίηση μέθοδοι πρόβλεψης δομής προβλέπουν την διατήρηση μη κανονικών δομικών στοιχείων. Η στερεοδομή αναλύεται με αναφορα την λειτουργικότητα των πρωτεινών S και F.

21.Υστερομεταγραφικές επεξεργασίες των προακολούθων της Concanavalin A από κοτηλυδονα φασιόλου.

J. Cell Biol. 102,1284, 1986.

Μεταβολικός χαρακτηρισμός των κοτηλυδόνων με C14 χρησιμοποιήθηκε για τον καθώρισμο των βημάτων της δημιουργίας της Concanavalin A. Τα πειραματικά δεδομένα προτείνουν την πιθανότητα αποκοπής και δημιουργίας πεπτιδικου δεσμού μετά το δίπλωμα της προακολούθου αμινοξικής αλλυσίδας.

22.Χαρακτηρισμός με χρωματογραφία συγγενείας της καρδιακής μιτοχονδριακής αφυδρογονάσης του μαλικού οξέως από βόδι και μελέτη του ενεργού κέντρου σύνδεσης του NADH.

Biochemical Journal (1996) (1996) 315,687-693.

Διερευνάται η ικανότητα του διχλωροτριαζινικού χρωμοφόρου Vilmafix Blue A-R (VBAR) να είναι δραστική στον χαρακτηρισμό συγγενείας για την καρδιακή μιτοχονδριακή αφυδρογονάση του μαλικού οξέως από βόδι. Η VBAR δεσμεύεται εξιδεικευμένα και μή αντιστρεπτά στην MDH. Πειραματικά δεδομένα αποκαλύπτουν την ύπαρξη δύο περιοχών δέσμευσης του υποστρώματος στην πρωτείνη ενώ η μη αντιστρεπτή σύνδεση της VBAR γίνεται με τα κατάλοιπα λυσίνης 81 ή/και 217.

23. Μοριακή προσομίωση για τον σχεδιασμό χιμαιρικών βιομιμητικών χρωμοφόρων υποστρωμάτων και οι αλληλεπιδράσεις τους με την καρδιακή μιτοχονδριακή αφυδρογονάση του μαλικού οξέως από βόδι.

Biochemical Journal (1996) 315, 695-703.

Μοριακή προσομίωση, μεθοδολογία κινητικής παρεμπόδισης και προσδιορισμοί Κd (σταθεράς αποσύνδεσης) χρησιμοποιήθηκαν για τον προσδιορισμό της ικανότητας των σχεδιασθέντων χειμερικών βιομιμητικών χρωμοφόρων να χρησιμοποιηθούν ως υποστρώματα συγγένειας για την καρδιακή μιτοχονδριακή αφυδρογονάση του μαλικού οξέως από βόδι. Κάθε υπόστρωμα είχε δύο περιοχές αναγνώρισης από το ένζυμο. Η μία βιομιμητική περιοχή που προσομοιάζει το φυσικό υπόστρωμα έχει μία κετο ή καρβοξυλική ομάδα συνδεδεμένη με έναν τριαζινικό δακτύλιο. Η άλλη, μία ανθρακινονική ομάδα, αναγνωρίζει την νουκλεοτιδική περιοχή δέσμευσης του ενζύμου. Ο συνδυασμός μοριακής προσομίωσης και πειραμάτων οδήγησε σε συγκεκριμένα συμπεράσματα για τον χαρακτήρα των ομάδων των βιομιμητικών υποστρωμάτων και τον τρόπο δέσμευσης τους από το ένζυμο.

24.Αρνητική Συσχέτιση ποικιλομορφίας και Εξελικτικής Διάρκειας στις οικογένειες των Αμμωνιτών.

18o Πανελλήνιο Συνέδριο Ελληνικής Εταιρείας Βιολογικών Επιστημών (1996).

Η νεοδαρβικική θεώρηση προβλέπει ότι η ποικιλομορφία ενός είδους μία χρονική στιγμή είναι ανάλογη με την πιθανότητα επιβίωσης του είδους. Από μία ανάλυση των κλαδικών διαγραμμάτων που υπάρχουν για ογδόντα δύο οικογένειες αμμωνιτών προκύπτει ότι οχι μονον δεν υπάρχει σημαντική θετική συσχέτιση αλλά αντίθετα σε 2/3 των περιπτώσεων υπάρχει αρνητική συσχέτιση που σημαίνει ότι στους αμμωνίτες η μεγαλύτερη ποικιλομορφία συνοδεύεται από μικρότερη διάρκεια ύπαρξης ή μεγαλύτερη πιθανότητα εξαφάνισης.

25.Δοκιμάζοντας την θεωρία της συνεξέλιξης Εντόμων-Αγγειόπερμων στο ταξικό επίπεδο.

7^th International Congress on the Zoogeography and Ecology of Greece and Adjacent Region (1996).

Τά έντομα και τα αγγειοσπερμόφυτα θεωρούνται το συνεξελίχθηκαν με μεγάλη επιτυχία. Η συνεξέλιξη τους αρχεται από το επίπεδο του είδους και συνεχίζεται ακόμα και στο επίπεδο του γένους. Ετσι η ποικιλομορφία τους και οι διακυμάνσεις της στον χρόνο θα πρέπει να συσχετίζονται. Από ανάλυση των απολιθωματικών δεδομένων προκύπτει ότι σε επίπεδο γένους η συνεξέλιξη δεν είναι φανερή.

δ. Μεθοδολογία.

26. Πολλαπλή σύγκριση αμινοξικών ακολουθιών σε πρωτεινικές οικογένειες με χαμηλή ομολογία ακολουθιων. Μία μεθοδολογική προσέγγιση για πίνακες διαφοροποιητέςγια τους υποδοχείς Γ-πρωτείνης.

Gene 98, 153, 1991.

27.Η μοριακή γραφική προσέγγιση στην πρόβλεψη και προσδιορισμό της μοριακής δομής

Crystallography of Supramolecular Compounds G.Tsoucaris, J.L.Atwood and Janusz Lipkowski (Eds.) Kluwer Acad. Publ. (1996) 491-498.

Η δυνατότητα της ενεργού γραφικής αναπαράστασης της δομής ενός μορίου ή ενός πολυμοριακού συμπλόκου δίνει μία σαφή αντίληψη των ιδιοτήτων του και των αλληλεπιδράσεων που προκύπτουν στις τρείς διαστάσεις. Εδώ αναπτύσεται μία μέθοδος αναπαράστασης χωρικών δεδομένων σε δισδιάστατη μορφή που δίνει την δυνατότητα πρόβλεψης και εντοπισμού δομικών στοιχείων των συμπλόκων και των αλληλεπιδράσεων των στις τρείς διαστάσεις. Αναπτύσονται εφαρμογές για τις υπερμορικές ενώσεις.

28.Harmony: Ενα σύστημα διαχείρησης υπερμοριακής βάσης.

Crystallography of Supramolecular Compounds G.Tsoucaris, J.L.Atwood and Janusz Lipkowski (Eds.) Kluwer Acad. Publ. (1996) 477-489.

Ο αριθμός των δημοσιεύσεων που αφορά υπερμοριακές ενώσεις υπερβάλλει τις δέκα χιλιάδες και αυξάνεται συνεχώς. Οι υπερμοριακές ενώσεις καλύπτουν πεδία της επιστήμης όπως η χημεία, η βιολογία, οι γεωπονικές επιστήμες, η ιατρική, η φαρμακολογία, η ηλεκτρονική τεχνολογία κλπ. Εδώ γίνεται μία προσπάθεια δημιουργίας ενός σχεσιακού συστήματος διαχείρησης και μιάς βάσεως δεδομένων που θα καλύπτει τον χώρο των υπερμοριακών ενώσεων βιβλιογραφικά,αλλά και με ανάλυση των δομικών, χημικών, φυσικοχημικών και βιοχημικών ιδιοτήτων.

29.Volume Rendering as a Tool in Protein Ligand Design.

24^th International School of Crystallography: Experimental and Computational Approaches to Structure-based Drug Design.(1996)

Για την ελαχιστοποίηση του τρισδιάστατου στοιχείου στην αναπαράσταση της αλληλεπίδρασης μεταξύ μορίων αναπτύσεται η μεθοδολογία του αποκλειστικού όγκου. Με παράδειγμα τον σχεδιασμό αναστολέων της αφυδρογονάσης του μαλικού οξέως παρουσιάζεται η χρήση της μεθόδου στην σχεδίαση υποστρωμάτων με ηλεκτρονικό υπολογιστή.

ε1. Κρυσταλλογραφία μικρών μορίων.

30.Η κρυσταλλική δομή του Αιθυλ 3-[4,5-διμεθοξυ-2-(4-μεθυλ-2-θειοπυριδι)-φαινυλ] προπιονικού.

Acta Cryst. C39,743-745 1983.

31.Η κρυσταλλική δομή του Αιθυλ 3-[4,5-διμεθοξυ-2-(3-μεθυλ-2-θειοπυριδι)-φαινυλ] προπιονικού.

Acta Cryst. C39,1693-1695 1983.

32.Η κρυσταλλική δομή του 4-5-διμεθοχυ-2-[3-(1,4-οχαζιν-4)-3-οχοπροπυλ]-Ν-(2-πυριδυλ)-βενζινοσυλφοναμιδίου.

Acta Cryst. C47,1212,1991.

Παράγωγα της βενζοθειαζινόνης έχουν αντιφλεγμονική δράση και είναι γνωστό ότι επιδρούν στό κεντρικό νευρικό σύστημα. Τα σουλφοναμίδια που εξετάζονται έχουν παρόμοια δομικά χαρακτηριστικά και δοκιμάζονται για φαρμακολογικές ιδιότητες. Οι κρυσταλλογραφικές έρευνες γίνονται γιά να γίνη συσχέτιση δομής και δράσης.

33.Αδαμαντανικά παράγωγα συμμετρικών τριαζινών.

5ο Φαρμ.Συν. Αθήνα ,25,1990

ε2. Κρυσταλλογραφία Βιολογικών Μακρομορίων.

34. Η δομή και δράση της β-λακτοσφαιρίνης από το αγελαδινό γάλα.

Biochem.Soc.T. 13,266,1986.

Η β-λακτοσφαιρίνη είναι μία πρωτείνη που ευρίσκεται στο γάλα πολλών ζώων. Οι πολλές φυσικοχημικές έρευνες χρειάζονται την στερεοδομή γιά την μοριακη επεξήγηση των αποτελεσμάτων. Οι στερεοδιατακτικές αλλαγές της πρωτείνης με μεταβολές του pH δίνουν ιδιαίτερο ενδιαφέρον στην εύρεση της δομής. Η κρυσταλλική μορφή Υ σέ pH 7.6 προσδιορίστηκε με ακτίνες Χ σε διακριτικότητα 2.8 Α με την μέθοδο της πολλαπλής ισόμορφης αντικατάστασης.

35. Η δομή της β-λακτοσφαιρίνης και η ομοιότης με την πρωτείνη πλάσματος που δεσμεύει ρετινόλη.

Nature 324,383-385 1986.

Η β-λακτοσφαιρίνη αποτελείται από δύο πτυχωτές επιφάνειες που σχηματίζουν ένα υδροφοβικό κάλυκα. Το ασυνίθιστο αυτό δίπλωμα μοιάζει με αυτό του πρωτεινικού μεταφορέα ρετινόλης στο πλάσμα. Η δυνατότητα δέσμευσης ρετινοικών παραγώγων εξετάζεται για την β-λακτοσφαιρίνη και υποδεικνύει ένα τρόπο μεταφοράς βιταμίνης Α στο γάλα από την μητέρα στο νεογνό.

36. Η δομή της τριγωνικής κρυσταλλικής μορφής της β-λακτοσφαιρίνης και του συμπλόκου μέ ρετινόλη στα 2.5Α.

J.Mol.Biol. 197,695, 1987

Η δομή της τριγωνικής μορφής της β-λακτοσφαιρίνης καθωρίστηκε με μεθόδους περίθλασης ακτίνων Χ ,ισόμορφη και μοριακή αντικατάσταση. Υπάρχουν διαφορές στην διάταξη των μορίων στον κρύσταλλο και μικρές στερεοδιατακτικές αλλαγές από τις άλλες μορφές. Στον χάρτη ηλεκτρονικής πυκνότητας του συμπλόκου με ρετινόλη σημαντική πυκνότητα εμφανίζεται σε εξωτερική κοιλότητα και όχι στον μέσα στον κάλυκα.

37.Η δομή της Διυδροφολικής Αναγωγάσης από κύταρα L1210 ποντικού σε σύμπλοκα με φάρμακα και το μοντέλο του ανθρώπινου ενζύμου.

FEBS Letters 218,1,178 1987.

Η δομές των συμπλόκων DHFR+NADPH+trimethoprim και DHFR+NADPH+methotrexate καθωρίστηκαν στην διακριτικότητα των 2.0Α και 2.5Α αντίστοιχα με τεχνικές περίθλασης ακτίνων Χ και μοριακή αντικατάσταση. Αλληλεπιδράσεις των δραστικών φαρμάκων με το ένζυμο θηλαστικού παρατηρούνται και αναλύονται για πρώτη φορά και προτείνεται η δομή και μοντέλο δράσης στο πολύ συγγενικό ένζυμο του ανθρώπου. Επίσης αναλύονται οι σημαντικές διαφορές του ενεργού κέντρου μεταξυ βακτηριακών και θηλαστικών ενζύμων.

38. Σύνθεση, προσδιορισμός κρυσταλλικής δομής και βιολογικές ιδιότητες μιάς νέας σειράς λιπόφιλων s-τριαζινών που δρούν ώς παρεμποδιστές της διυδροφολικής αφυδρογωνάσης

Eur. J. Med. Chem. (1993) 28,149-158.

Οι φαρμακολογικές ιδιότητες των διάμινο s-τριαζινών ως αντιβακτηριακά δοκιμάσθηκαν με την παρεμποδιστική δράση τους στην διυδροφολική αφυδρογονάση (DHFR). Με την βοήθεια μοριακών γραφικών συστημάτων κατασκευάστηκαν μοντέλα συμπλόκων με την DHFR και οι σταθερές σύνδεσης προσδιορίστηκαν πειραματικά. Μονο υποκατεστημένα παράγωγα έδωσαν καλλίτερη παρεμπόδιση ενώ η εισαγωγή μιάς γέφυρας μεθυλενίου μεταξύ του αδαμαντανίου και της s-τριαζίνης δίνουν ασθενέστερους παρεμποδιστές. Μερικά παράγωγα έχουν ασθενή διαφοροποιητική ικανότητα σε καρκινογόνα κύτταρα ενώ επίσης παρουσιάζουν αντιβακτηριακή δράση αλλά μηδενική αντιική δράση.