Οι αδρομυκώσεις που προκαλούνται από τους μύκητες Fusarium oxysporum και Verticillium dahliae προκαλούν σημαντικές οικονομικές απώλειες αφού δεν μπορούν να αντιμετωπισθούν με φυτοφάρμακα. Συνεπώς η χρήση μικροοργανισμών με κατασταλτική δράση εναντίον των μυκήτων F. oxysporum και V. dahliae μπορεί να αποτελέσει μια στρατηγική αντιμετώπισης αποδεκτή τόσο στην ολοκληρωμένη όσο και στην βιολογική γεωργία. Στο Εργαστήριο Φυτοπαθολογίας του Γ.Π.Α. απομονώνονται και αξιολογούνται μικροοργανισμοί για τη δράση τους εναντίον των μυκήτων F. oxysporum και V. dahliae σε πειράματα θερμοκηπίου και αγρού. Παράλληλα μελετάται ο μηχανισμός δράσης των κατασταλτικών μικροοργανισμών με σύγχρονες μεθόδους μοριακής βιολογίας

Με σκοπό τη κατανόηση του μηχανισμού άμυνας των φυτών εναντίον  των μυκήτων F. oxysporum και V. dahliae μελετάται η αλληλεπίδραση τους με φυτά Arabidopsis thaliana. Πειράματα σε μεταλλαγμένα φυτά έδειξαν ότι φυτά A. thaliana τα οποία φέρουν μετάλλαξη στον υποδοχέα του αιθυλενίου etr1-1 έχουν αυξημένη αντοχή εναντίον  των μυκήτων F. oxysporum και V. dahliae. Η ανάλυση με qPCR έδειξε ότι στα μεταλλαγμένα etr1-1 φυτά το ποσοστό αποίκησης από τους μύκητες F. oxysporum και V. dahliae ήταν σημαντικά μικρότερο σε σχέση με τα άγριου τύπου. Παράλληλα η χρήση microarrays έδειξε την ενεργοποίηση πληθώρας γονιδίων που σχετίζονται με την άμυνα των φυτών.

Οι μύκητες του γένους Aspergillus αποτελούν ένα από τα κυριότερα μυκητολογικά προβλήματα των αμπελώνων σε παγκόσμια κλίμακα. Πλήθος μελετών τα τελευταία χρόνια έδειξαν ότι κυρίως οι μύκητες Aspergillus carbonarius και A. niger ευθύνονται για την όξινη σήψη στα σταφύλια και την παρουσία σε αυτά Ωχρατοξίνης Α. Η καταγραφή του πληθυσμού και η αντιμετώπιση των μυκήτων του γένους Aspergillus με φυτοφάρμακα και μικροοργανισμούς, βιολογική αντιμετώπιση, αποτελούν ένα από τα κύρια πεδία ερευνητικής δραστηριότητας.

Με τη χρήση μοριακών τεχνικών χαρακτηρίζονται σε επίπεδο είδους απομονώσεις διαφόρων φυτοπαθογόνων μικροοργανισμών. Στα πλαίσια αυτής της δραστηριότητας έχει εντοπισθεί για πρώτη φορά στην Ελλάδα η παρουσία των ωομυκήτων Phytophthora ramorum και P. parasiticaσε φυτά ροδόδενδρου (Rhododendron cv. Kate Waterer)